Nació de los amores que mantuvieron el dios del Sol, Helios y una nereida, Perseis. Circe demostró desde pequeña su afición por las plantas venenosas, las raíces y los restos animales que eran necesarios para preparar todo tipo de ungüentos y pócimas, que ella misma realizaba siempre por la noche y en el más absoluto de los secretos. Gracias a su afición descubrió desde bebedizos que anulaban la voluntad de los hombres, hasta formas de encantamiento que metamorfoseaban a las personas en animales o plantas.
A pesar de su alma negra, Circe poseía una belleza encantadora, por lo que consiguió casarse con el rey de los sármatas, que había quedado prendado de su hermosura. Ella decidió asesinarlo para poder reinar sola, pero su pueblo no lo consintió y fue expulsada de la ciudad. Tras su huida de este país, Circe se refugió en la zona de Etruria, en la Península de itálica, y dese allí participó en algunas de las sagas epopéyicas más importantes de la antigüedad, ya que le gustaba atraer a los marineros hasta su costa para hechizarlos y convertirlos en animales que conservaban la razón humana.
Sin embargo, Circe también cayó presa de las garras del amor. Cuando Ulises, en el periplo de vuelta a su hogar tras la guerra troyana, llegó a las costas de Etruria, observó como su tripulación se convertía en cerdos, mientras él se salvaba gracias a los consejos de Hermes. Cuando el héroe se enfrentó a la maga exigiendo la vuelta a la normalidad de sus hombres, Circe decidió que Ulises sería el hombre que debía reinar junto a ella, por lo que consiguió retenerlo durante un año, gracias a unas pócimas que hacían que él olvidara todo lo referente a su vida anterior. Pero pasado un tiempo, después de averiguar la manera de resucitar a Tiresias para que le guiara en su viaje, Ulises consiguió eludir los bebedizos y el influjo de la hechicera., reemprendiendo el largo camino a casa.
